这种挑战主要表现在两方面。

第一是生物的“共同由来”观念，所有物种都有共同的祖先。基督教认为，人是上帝按照自己的形象创造出来的，所以人部分秉承了上帝的特性。在上帝眼里，人的地位是比较特殊的。地球是宇宙中心，人就在宇宙中心，他可以支配上帝所创造的万事万物，所以人是与众不同的。但是达尔文指出所有的物种包括人类，都是由共同祖先演化而来的。在达尔文的理论中，人不再是特殊的神造物，人的神圣、人的珍贵受到挑战。

第二是“自然选择机制”。《圣经》的上帝创世说，强调世上的万事万物都是上帝的作品，上帝是万能的。但达尔文以自然选择替代上帝的作用，取代了上帝的智慧。

我专门研究过达尔文的生平。达尔文一生很有意思，他曾经主修过神学，但因学得不好转向进化论。我还专门考证达尔文是不是基督教徒，没有准确的说法。有人说是，有人说不是。但达尔文有浓厚的基督教情结。他一度非常担心他的进化论会冒犯基督教教会，伤害人们的宗教感情。