化石证据表现在两个方面。第一个方面，化石的缺失。最早认识到这个致命缺陷的就是达尔文自己。达尔文是品行极其高尚的一位伟大科学家。他的《物种起源》一共十五章，他在写这本书的时候，在第十章用整整一章讲进化论的致命缺陷。一般科学家都千方百计地把自己的要害隐藏起来，但达尔文把自己的缺陷暴露出来，从头到尾讲。他说：“依照这种理论，无数过渡类型一定存在，为什么我们没有看到它们大量埋藏在地壳里呢？这一难点在长久期间内颇使我惶惑。”我做了一个示意图，比如说从动物A1进化到动物A2，达尔文认为是渐变的过程，有很多中间类型。比如A1.1过渡到A1.2，然后过渡到A1.3、A1.4、A1.5、A1.6……然后才能够过渡到A2这个物种。我们现在没有发现A1.1、A1.2、A1.3、A1.4……这些中间类型的物种化石，中间过渡类型化石严重缺失，缺到几乎没有。所以达尔文感到非常困惑，为什么这样一种渐变的累积的进化，没有中间类型的化石？困惑之下，达尔文给自己找到一个可能会有的答案。他说：“这些中间类型化石的严重缺失，或许是因为这些化石它埋在地底下的某一个角落，我们古生物学家，地质学家没有发现而已。”它是存在的，只不过没被发现，他想自圆其说。达尔文1882年去世到今天，已经过去129年，这期间仍然没有发现中间类型的物种化石，比达尔文时代还要少。如果量化的话，99.9999%的中间类型化石没有被发现。

第二个方面更加严重的，是寒武纪化石的发现。寒武纪是一个地质年代，距离今天大概5.3亿年。达尔文在《物种起源》说：“还有一个相似的难点，更加严重，我所指的是动物界的几个主要部门的物种，在已知的最下化石岩层中（也就是在寒武纪的地质层当中）突然出现的情形”。Mr.Hicks在英国南威尔士的寒武纪层当中，发现了富有三叶虫的化石，还有各种软体动物、环虫类的岩层。寒武纪离我们今天5.3亿年。在达尔文时代，有人在寒武纪层发现节肢动物门的三叶虫，还有软体动物门、环虫动物门的动物化石，他觉得无法解释。因为三叶虫是非常复杂的。三叶虫，一片叶子上面好像有两条沟，把一片叶子分成了三叶，就像三叶，这是节肢动物门相对比较复杂的一种动物。我这里有一张表，讲地质年代的。地质学家把整个地质分成两个宙，一个显生宙，一个是隐生宙。显生宙又分成了三个代：新生代、中生代、古生代。寒武纪就是在古生代的最早时期。

三叶虫的发现让达尔文感到非常严重，无法加以解释的现象就是寒武纪生命大爆发。寒武纪生命大爆发远远超过达尔文时代，达尔文活着的时候所知道的三叶虫突然出现，到寒武纪生命大爆发就变得更加复杂。因为在达尔文去世以后的100多年时间里，古生物学家在寒武纪地质层里有了重大发现，发掘到大量的动物化石。