第一个困惑是30多个不同门类的动物何以在寒武纪同时出现？我画了一个非常简单的示意图。在寒武纪之前人们没有发现动物化石，最多发现多细胞的化石。每一条竖线都代表一个不同的动物。寒武纪30多种不同门类的动物出现，大概持续了200万年。我们可以把地球存在的46亿年比作24小时，寒武纪200万年相当于24小时当中的一分钟，短短一分钟地球就出现了几乎所有门类的动物代表。这个现象用达尔文进化论显然无法解释。

第二个困惑是谁是寒武纪30多个不同门类动物的共同祖先？寒武纪突然出现了30多个不同门类的动物，它们有没有共同祖先？如果有，谁是它们的共同祖先？这个问题一直困扰着达尔文，以及达尔文去世以后100多年来的古生物学家。因为达尔文知道在寒武纪之前没有动物化石，所以什么是寒武纪30多不同门类的共同祖先，他一直在寻找。有人觉得应该去追根溯源，在寒武纪地层下面寻找它的祖先。

第三个困惑是寒武纪以来为什么不同门类的动物的进化速率表现得如此悬殊？如果说寒武纪地球上有了30多个不同门类的动物，5.3亿年过去了，这些不同门类动物的进化速率非常不同。像节肢动物门一直在不断地进化，脊椎动物进化开始很慢，后来很快。但是有相当一部分门类的动物，比如曳鳃动物、星虫动物、箭虫动物、尾索动物、海豆芽动物门，这些动物数亿年如一日，5.3亿年前是什么样的形态、结构，今天仍然是什么样的形态、结构。为什么它们的进化速率如此的悬殊和不同？