对这个问题的解读，理论有很多。首先人们对进化的速率用科学去解读的话，比如说奥地利科学家Zuckerkandl、美国科学家PauLing，最先发现进化跟氨基酸的数量有关，氨基酸数量决定了变异的速度。氨基酸数量多，变异的量就多，跟氨基酸的数量成正比。所以控制进化的速率归根结底是由DNA或者DNA的碱基决定的。后来他们研究碱基，发现了一个理论叫作“分子时钟”理论，这个理论告诉我们，变异的速度是非常准确的，跟碱基的变异速度一样，是非常确定，有多少碱基，它就会在一定时间发生某一个碱基的变化。他们提出了一个“分子时钟”理论，变异的速度非常精准，跟DNA的碱基数量有关。他们用这个分子理论进行检验，看对不对，能不能被大家接受。最成功的案例是他们检测人科的起源。过去古人类学家说人类起源于1500万到3000万年，后来用“分子时钟”理论检测，觉得人科只不过是500万年的历史。他们提出完全不同的一个时间段，随后有古人类学家重新评估，评估的结果修正了，现在人科的起源是500万年。

如果按照“分子时钟”理论，我们可以得出这个结果，就是不同物种之间的进化速率应该是相差不多的，不能有这么大的悬殊和差异。如果以均速进行变动，为什么我们看到的演化不均匀，或者有这么大的差异？几十年来这个问题确实一直令人感到非常困惑。

2006年7月，澳大利亚一位华裔科学家何裕华的研究结果引起科学家广泛重视，他发现“分子时钟”的跳动速度并没有像想象中这么准确。他有几个观点：第一，时间越久远，物种越长，它的跳动速度越缓慢。第二，在生命体中的基因，有的是很重要的基因，比如说调控基因很重要，有的是不太重要的基因。相比较的话，越是重要的基因，它的突变速度越慢。这个观点很快被大家所接受。

这种观点还没有把问题解决。因为这样的不准，只是非常小范围的不准，这种误差不是很大。不是大到5.3亿年一点没有变化，这个变化很快，没法解释这个事情。