围绕高句丽初期都城的考古活动很早就开始了，是1905年日俄战争结束后。1904年在辽宁爆发了日俄战争，日本人取胜，取胜以后日本的一些学者开始到这个地方进行考古活动，鸟居龙藏最早对五女山城进行了调查。后来日本早期非常著名考古学者白鸟库吉把五女山城比定为史书上记载的纥升骨城，也就是高句丽的第一个都城。他把桓仁地区比定为文献记载的卒本，也就是《好太王碑》上记载的叫忽本。后来日本学者三上次男调查了五女山城，认为没发现高句丽的东西，说这个看法应该慎重。

中华人民共和国成立以后，辽宁开展的高句丽考古工作，最早伴随着国内大型基本建设开展，当时要修桓仁水库，组织东北博物馆文物工作队开展考古调查，在淹没区很小的范围内发现了桓仁有705（750）座高句丽墓葬，之后又发掘了44座高句丽墓葬。从1956年开始一直到现在，包括从日本人开始，经过半个多世纪的学者考证，大多数学者都认为五女山山城就是高句丽建国的第一个都城，桓仁地区是高句丽的发祥地。但也有不同意见，王健群和耿铁华都是研究高句丽非常有名的学者，他们认为高句丽第一个都城不是五女山山城。