几何学上，K个检测变量确定K维空间，载荷实质上表征了模型（线、平面或超平面）中的每个检测变量在K维变量空间的位置和方向，而主成分载荷表征了主成分模型（线、平面或超平面）中每个检测变量的矢量方位。主成分荷载图是展示被检测变量或小分子化合物在观测样品中浓度水平变化规律的相似性或差异性的变量分布散点图。与之相对应，主成分得分图（样品分布散点图）可以直观反映代谢组学研究中的观测样品（或称观测变量）的相似性或差异性。基于矩阵数据建立主成分模型后，观测样品分布散点图和检测变量分布散点图可同时建立并形成固定的对应关系。