棘皮动物门（Echinodermata）海参纲（Holothuroidea）楯手目（Aspidochirotida）刺参科（Stichopodidae）刺参属（Stichopus）一种。花刺参的同物异名Stichopus variegatus已弃用。国际上Stichopus variegatus已裂分为Stichopus monotuberculatus和Stichopus herrmanni两个物种，中国一直沿用的Stichopus variegatus，经形态学和线粒体全基因组比对研究是Stichopus monotuberculatus。